שסתום הבקרה הפנאומטי משתמש באוויר דחוס כמקור כוח ומחובר באופן הדוק ליחידת בקרת האוטומציה של מערכת ניהול מי הנטל של הספינה. כאשר ספינה נמצאת בשלבי ניווט שונים, כגון יציאה, ניווט, עגינה, טעינה ופריקה של מטען, הביקוש למי נטל ישתנה. לדוגמה, כאשר ספינה מעמיסה מטען, יש צורך להזריק כמות מתאימה של מי נטל כדי לשמור על איזון הגוף. בשלב זה, מערכת הבקרה האוטומטית תוציא הוראות לשסתום הבקרה הפנאומטי על סמך נתוני המצב בזמן אמת של הספינה. שסתום הבקרה הפנאומטי מגיב במהירות, מכוון במדויק את פתיחת השסתום, שולט על מהירות הזרימה והזרימה של מי הנטל, ומאפשר לשקוע בהתמדה לאונייה לטיוטה מתאימה, מה שמבטיח את יציבות הספינה בתהליך הטעינה.
כאשר הספינה צריכה לפרוק מטען או לשנות את מצב הניווט, עליה לפרוק מי נטל. שסתום הבקרה הפנאומטי יכול גם לשלוט במדויק על זרימת הפריקה של מי הנטל בהתאם להוראות הבקרה כדי למנוע חוסר איזון של הספינה עקב מהירות ניקוז מהירה מדי או איטית מדי. במקרה של תנאי ים קשים, כמו רוחות חזקות וגלים, יציבות הספינה עומדת בפני מבחנים קשים. שסתום הוויסות הפנאומטי יכול להתאים באופן דינמי את הזרימה והיציאה של מי נטל בהתאם לנתוני הנדנוד וההטיה של הספינה, ועוזר לספינה להחזיר את האיזון במהירות ולהבטיח בטיחות ניווט.